El Sistema Institucional de Archivos del Consejo de la Judicatura está constituido por áreas normativas y operativas. Las normativas son el área coordinadora de archivos y el grupo interdisciplinario; mientras que las unidades de correspondencia, los archivos de trámite y el archivo de concentración, son consideradas las áreas operativas.

En cada órgano jurisdiccional, área administrativa, organismo descentralizado y órgano desconcentrado del Consejo existe un archivo de trámite integrado por documentos de archivo de uso cotidiano y necesario para el ejercicio de las atribuciones y funciones del órgano o área.

Por su parte, el Archivo Judicial de Concentración del Consejo de la Judicatura del Poder Judicial de Yucatán es la instancia encargada de custodiar el acervo documental semiactivo, generado a través del quehacer cotidiano de los órganos jurisdiccionales y unidades administrativas.

A pesar de la aparente inactividad jurisdiccional de muchos de los documentos custodiados en el Archivo Judicial de Concentración, la información contenida en ellos tiene un valor probatorio que posibilita a los juzgadores su utilización como referencia o como material de apoyo para asuntos pendientes de ser resueltos, para coordinar acciones internas o para dar una respuesta organizada y conforme a la ley a los ciudadanos, en cumplimiento de las leyes de transparencia. Además, la riqueza informativa, evidencial y testimonial de muchas series documentales que conforman el acervo ha ameritado su conservación permanente en el Archivo Histórico del Archivo General del Estado.